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https://hdl.handle.net/20.500.14094/90004183
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90004183 (fulltext)
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2.14 MB
2
メタデータ
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メタデータID
90004183
アクセス権
open access
出版タイプ
Version of Record
タイトル
A Systematic Approach to Timeseries Metabolite Profiling and RNA-seq Analysis of Chinese Hamster Ovary Cell Culture
著者
Hsu, Han-Hsiu ; Araki, Michihiro ; Mochizuki, Masao ; Hori, Yoshimi ; Murata, Masahiro ; Kahar, Prihardi ; Yoshida, Takanobu ; Hasunuma, Tomohisa ; Kondo, Akihiko
著者名
Hsu, Han-Hsiu
著者ID
A0291
研究者ID
1000040396867
著者名
Araki, Michihiro
荒木, 通啓
アラキ, ミチヒロ
所属機関名
科学技術イノベーション研究科
著者名
Mochizuki, Masao
著者名
Hori, Yoshimi
著者名
Murata, Masahiro
著者名
Kahar, Prihardi
著者名
Yoshida, Takanobu
著者ID
A0960
研究者ID
1000020529606
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=73b63639d47d0a4b520e17560c007669
著者名
Hasunuma, Tomohisa
蓮沼, 誠久
ハスヌマ, トモヒサ
所属機関名
先端バイオ工学研究センター
著者ID
A1715
研究者ID
1000040205547
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=a324eb4a1b052e53520e17560c007669
著者名
Kondo, Akihiko
近藤, 昭彦
コンドウ, アキヒコ
所属機関名
科学技術イノベーション研究科
収録物名
Scientific Reports
巻(号)
7
ページ
43518-43518
出版者
Nature Publishing Group
刊行日
2017-03-02
公開日
2017-09-14
抄録
Chinese hamster ovary (CHO) cells are the primary host used for biopharmaceutical protein production. The engineering of CHO cells to produce higher amounts of biopharmaceuticals has been highly dependent on empirical approaches, but recent high-throughput "omics" methods are changing the situation in a rational manner. Omics data analyses using gene expression or metabolite profiling make it possible to identify key genes and metabolites in antibody production. Systematic omics approaches using different types of time-series data are expected to further enhance understanding of cellular behaviours and molecular networks for rational design of CHO cells. This study developed a systematic method for obtaining and analysing time-dependent intracellular and extracellular metabolite profiles, RNA-seq data (enzymatic mRNA levels) and cell counts from CHO cell cultures to capture an overall view of the CHO central metabolic pathway (CMP). We then calculated correlation coefficients among all the profiles and visualised the whole CMP by heatmap analysis and metabolic pathway mapping, to classify genes and metabolites together. This approach provides an efficient platform to identify key genes and metabolites in CHO cell culture.
カテゴリ
科学技術イノベーション研究科
先端バイオ工学研究センター
学術雑誌論文
権利
© The Author(s) 2017.
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資源タイプ
journal article
言語
English (英語)
eISSN
2045-2322
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DOI
https://doi.org/10.1038/srep43518
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