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https://hdl.handle.net/20.500.14094/90004653
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90004653 (fulltext)
pdf
15.9 MB
4
メタデータ
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メタデータID
90004653
アクセス権
open access
出版タイプ
Accepted Manuscript
タイトル
Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy
著者
Matsunaga, Shota ; Hano, Yuta ; Saito, Yuta ; Fujimoto, Kazuhiro J. ; Kumasaka, Takashi ; Matsumoto, Shigeyuki ; Kataoka, Tohru ; Shima, Fumi ; Tanaka, Shigenori
著者名
Matsunaga, Shota
著者名
Hano, Yuta
著者名
Saito, Yuta
著者名
Fujimoto, Kazuhiro J.
著者名
Kumasaka, Takashi
著者ID
A0845
研究者ID
1000000753906
著者名
Matsumoto, Shigeyuki
松本, 篤幸
マツモト, シゲユキ
所属機関名
医学研究科
著者ID
A0459
研究者ID
1000040144472
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=cb00681b17ceeeeb520e17560c007669
著者名
Kataoka, Tohru
片岡, 徹
カタオカ, トオル
所属機関名
学術研究推進機構
著者ID
A0774
研究者ID
1000060335445
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=ad9ff9c53a5d3608520e17560c007669
著者名
Shima, Fumi
島, 扶美
シマ, フミ
所属機関名
科学技術イノベーション研究科
著者ID
A0271
研究者ID
1000010379480
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=c07e328da483e766520e17560c007669
著者名
Tanaka, Shigenori
田中, 成典
タナカ, シゲノリ
所属機関名
システム情報学研究科
収録物名
Journal of Molecular Graphics and Modelling
巻(号)
77
ページ
51-63
出版者
Elsevier
刊行日
2017-10
公開日
2019-11-01
抄録
The state transitions of solvated H-Ras protein with GTP were theoretically analyzed through molecular dynamics (MD) simulations. To accelerate the structural changes associated with the locations of two switch regions (I and II), the Parallel Cascade Selection MD (PaCS-MD) method was employed in this study. The interconversions between the State 1 and State 2 were thus studied in atomic details, leading to a reasonable agreement with experimental observations and consequent scenarios concerning the transition mechanism that would be essential for the development of Ras inhibitors as anti-cancer agents. Furthermore, the state-transition-based local network entropy (SNE) was calculated for the transition process from State 1 to State 2, by which the temporal evolution of information entropy associated with the dynamical behavior of hydrogen bond network composed of hydration water molecules was described. The calculated results of SNE thus proved to provide a good indicator to detect the dynamical state transition of solvated Ras protein system (and probably more general systems) from a viewpoint of nonequilibrium statistical thermodynamics.
キーワード
Ras
Molecular switch
Structural transition
Molecular dynamics
State-transition-based local network entropy
カテゴリ
システム情報学研究科
医学研究科
科学技術イノベーション研究科
学術研究推進機構
学術雑誌論文
権利
© 2017 Elsevier.
This manuscript version is made available under the CC-BY-NC-ND 4.0 license http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
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資源タイプ
journal article
言語
English (英語)
ISSN
1093-3263
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eISSN
1873-4243
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NCID
AA11157371
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DOI
https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2017.07.028
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