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https://hdl.handle.net/20.500.14094/90004843
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90004843 (fulltext)
pdf
2.05 MB
2
メタデータ
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メタデータID
90004843
アクセス権
open access
出版タイプ
Version of Record
タイトル
A New Biclustering Algorithm with Exclusive Random Selection of Columns for Predicting Recognition Spots on Protein Molecular Surfaces
著者
著者名
Nishimura, Hiroto
著者ID
A0482
研究者ID
1000030223738
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/profile/ja.9f4470bae2f49cea520e17560c007669.html
著者名
Ohkawa, Takenao
大川, 剛直
オオカワ, タケナオ
所属機関名
システム情報学研究科
収録物名
International journal of bioscience, biochemistry, bioinformatics (IJBBB)
巻(号)
8(1)
ページ
11-19
出版者
International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics(IJBBB)
刊行日
2018-01
公開日
2018-05-09
抄録
A protein and a ligand have a process of recognizing each other when they are remote before approaching for binding. In this process, there should be a local portion corresponding to a target of the recognition (a recognition spot) on the protein molecular surface. In this paper, we proposed a new biclustering algorithm BISERS for predicting recognition spots on protein molecular surfaces, in which a portion of the molecular surface of a query protein that frequently shows the similarity to other specific proteins binding to the similar ligand is extracted by biclustering. In BISERS, the similarity between rows as well as the similarity between columns is introduced into the evaluation function for updating the biclusters. In addition, the random sampling is applied to the process of exclusive selection of the column for reducing the computational cost effectively. Experimental results for 60 proteins show the effectiveness of our BISERS algorithm.
キーワード
Biclustering
data mining
protein
recognition spot
カテゴリ
システム情報学研究科
学術雑誌論文
権利
© International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics.
Creative Commons attribution-noncommerical license CC BY-NC-ND 4.0.
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資源タイプ
journal article
言語
English (英語)
eISSN
2010-3638
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DOI
https://doi.org/10.17706/ijbbb.2018.8.1.11-19
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