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https://doi.org/10.24546/81012551
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81012551 (fulltext)
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438 KB
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メタデータ
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メタデータID
81012551
アクセス権
open access
出版タイプ
Version of Record
タイトル
Detection of Novel Amino Acid Polymorphisms in the East Asian CagA of Helicobacter Pylori with Full Sequencing Data
著者
Hayashi, Hiroki ; Inoue, Jun ; Oyama, Katsuaki ; Matsuoka, Koki ; Nishiumi, Shin ; Yoshida, Masaru ; Yano, Yoshihiko ; Kodama, Yuzo
著者名
Hayashi, Hiroki
著者ID
A0870
研究者ID
1000050631561
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=5f6eb5d7982529e4520e17560c007669
著者名
Inoue, Jun
井上, 潤
イノウエ, ジュン
所属機関名
医学部附属病院
著者名
Oyama, Katsuaki
著者名
Matsuoka, Koki
著者ID
A0815
研究者ID
1000020514706
著者名
Nishiumi, Shin
西海, 信
ニシウミ, シン
所属機関名
大学院医学研究科 医科学専攻
著者ID
A0791
研究者ID
1000000419475
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=b42c4a25405e79a1520e17560c007669
著者名
Yoshida, Masaru
吉田, 優
ヨシダ, マサル
所属機関名
医学研究科
著者ID
A1403
研究者ID
1000060419489
KUID
https://kuid-rm-web.ofc.kobe-u.ac.jp/search/detail?systemId=152e2ed7d0f16bcb520e17560c007669
著者名
Yano, Yoshihiko
矢野, 嘉彦
ヤノ, ヨシヒコ
所属機関名
医学研究科
著者名
Kodama, Yuzo
収録物名
The Kobe journal of the medical sciences
巻(号)
66(1)
ページ
22-31
出版者
神戸大学医学部
Kobe University School of Medicine
刊行日
2020
公開日
2021-03-05
抄録
Cytotoxin-associated gene A (CagA) is generally accepted to be the most important virulence factor of Helicobacter pylori and increases the risk of developing gastric cancer. East Asian CagA, which includes the EPIYA-D segment at the C-terminal region, has a significantly higher gastric carcinogenic rate than Western CagA including the EPIYA-C segment. Although the amino acid polymorphism surrounding the EPIYA motif in the C-terminal region has been examined in detail, limited information is currently available on the amino acid polymorphism of the N-terminal region of East Asian CagA. In the present study, we analyzed the sequencing data of East Asian CagA that we obtained previously to detect amino acid changes (AACs) in the N-terminal region of East Asian CagA. Four highly frequent AACs in the N-terminal region of East Asian CagA were detected in our datasets, two of which (V356A, Y677F) exhibited reproducible specificity using a validation dataset from the NCBI database, which are candidate AACs related to the pathogenic function of CagA. We examined whether these AACs affect the functions of CagA in silico model. The computational docking simulation model showed that binding affinity between CagA and phosphatidylserine remained unchanged in the model of mutant CagA reflecting both AAC, whereas that between CagA and integrin significantly increased. Based on whole genome sequencing data we herein identified novel specific AACs in the N-terminal regions of EPIYA-D that have the potential to change the function of CagA.
カテゴリ
医学研究科
医学部附属病院
The Kobe journal of the medical sciences
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66巻
>
66巻1号(2020)
紀要論文
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資源タイプ
departmental bulletin paper
言語
English (英語)
ISSN
0023-2513
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NCID
AA00711740
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URI
http://www.med.kobe-u.ac.jp/journal/contents.html
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